Την άποψη ότι η Αγία Σοφία δε θα πρέπει να μετατραπεί σε τζαμί αλλά θα πρέπει να παραμείνει αυτό που είναι σήμερα εξέφρασε ο Τοποτηρητής Μουφτής Κομοτηνής τονίζοντας με έμφαση πως και μόνο από την ονομασία προκύπτει πως πρόκειται για έναν χριστιανικό ναό.

Η δήλωση του Τοποτηρητή Μουφτή Κομοτηνής:

«Πριν την μετατροπή της Αγίας Σοφίας από μουσείο σε τέμενος, είχα πει τη γνώμη μου, ως θρησκευτικός ηγέτης στην Κομοτηνή. Έλεγα ότι αυτό δεν είναι κάτι σωστό και από θρησκευτικής πλευράς. Στις αρχές του Ισλάμ δεν συμβαίνει κάτι τέτοιο»

«Από την ονομασία της, γίνεται αντιληπτό ότι η Αγία Σοφία είναι χριστιανικός ναός. Η Αγία Σοφία μετατράπηκε από χριστιανικός ναός σε τζαμί και από τζαμί σε μουσείο. Θα ήταν καλό να μείνει στην ουδετερότητα και να παραμείνει μουσείο. Να μην υπάρχει πικρία στη συνείδηση των χριστιανών και των μουσουλμάνων. Και να μην πικραίνεται και η κοινότητα στην Κωνσταντινούπολη.»